In geval de werkgever vooralsnog de werkkostenregeling aan zich voorbij laat gaan en wacht met de invoering tot 1 januari 2014, is het desondanks verstandig hierop te anticiperen. Ten gevolge van de invoering van de WKR zullen de arbeidsvoorwaarden van de medewerkers hoogst waarschijnlijk moeten worden aangepast. Als zij daardoor er op achteruitgaan, of dit menen, dan kan de werkgever de aanpassingen van de arbeidsvoorwaarden niet rauwelijks per 01-01-2014 doorvoeren.

De medewerkers kunnen deze aanpassing dan weigeren, vanwege het feit, dat er sprake is van strijd met het wettelijk voorgeschreven "goed werkgeverschap". Door in 2011, 2012 en 2013 een overgangsregeling te treffen en zo bepaalde vergoedingen gefaseerd af te bouwen, worden arbeidsrechtelijke problemen voorkomen.